Le site Natura 2000 des zones humides Born et Buch est cerné par trois sites militaires :
- La Base aérienne 120 de Cazaux notamment dédiée à l'entraînement aériens des forces,
- La Direction Générale de l'Armement (D.G.A.) Essai en Vol de Cazaux,
- Le site Landes de la Direction Générale de l'Armement (D.G.A.) Essai de missiles à Biscarrosse.
Seuls les deux premiers sites militaires concernent le site Natura 2000, puisque leur emprise comprend 2 000 ha de surface lacustre (lac de Cazaux-Sanguinet).
Le site landais, quant à lui, jouxte seulement une partie de la limite ouest du périmètre : du lac de Parentis-Biscarrosse au nord de Mimizan.