La taille du site (plus de 12 000 ha) et ses caractéristiques naturelles permettent l'expression d'une diversité biologique remarquable. Diversité notamment au travers des paysages, et de fait des milieux présents.
Au total, 29 habitats naturels des zones humides de l'arrière dune des pays de Born et de Buch sont des habitats d’intérêt communautaire. 7 d’entre eux sont d’intérêt communautaire et prioritaire. Les autres habitats jouent un rôle majeur dans la mosaïque de milieux et sont pour la plupart des habitats d’espèces d’intérêt communautaire avec par exemple :
- les aulnaies marécageuses qui abritent le très rare mustélidé : le Vison d’Europe,
- les roselières qui protègent les groupements à Isoète de Bory,....
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